Обучение иностранным языкам в азербайджанских вузах началось c 20-х годов прошлого века, и в 1936/1937 учебном году, впервые, в Азербайджанском педагогическом институте открыта кафедра иностранных языков. Однако, в связи с дефицитом национальных педагогических кадров, преподающих иностранные языки, 9 октября 1937 года Совет Народных Комиссаров Азербайджана принял решение «О создании факультета иностранных языков в Азербайджанском педагогическом институте». В 1937/1938 учебном году на факультет были приняты 175 человек: 59 студентов по специальности – английский язык, 92 студента по специальности немецкий и 24 студента по специальности – французский язык. Из них в азербайджанский сектор было зачислено 46 человек, в русский сектор – 129 человек. В 1941 году только 95 человек получили диплом.
После начала Второй мировой войны потребность в специалистах по иностранным языкам резко возросла, и в октябре 1940 года в соответствии с решением СНК Азербайджанской ССР «О преподавании немецкого, французского и английского языков в средних и высших школах Азербайджанской ССР» факультет иностранных языков АПИ с 1941/42 учебного года включен в состав Педагогического института иностранных языков, куда было зачислено 150 студентов.
Однако, в связи с началом Великой Отечественной войны в 1941 году, институт мог осуществлять только организационный процесс и указом Народного комиссариата культуры от 1 сентября 1941 года продолжил свою деятельность в качестве факультета АПИ.
В послевоенный период в целях совершенствования подготовки специалистов по иностранным языкам, Министерство образования Азербайджанской Республики издает указ о создании в городе Баку, в 1948/1949 учебном году, на основе факультета иностранных языков – Педагогического института иностранных языков. На должность первого ректора назначен Айбат Пашаев, выпускник факультета иностранных языков, который некоторое время работал преподавателем, а затем деканом факультета. В первый год было зачислено 150 человек.
В течении 10 лет своей независимой педагогической деятельности институт выпустил около 1400 специалистов по иностранным языкам: 861 специалиста по английскому, 278 специалистов по немецкому и 234 специалиста по французскому языкам. Большинство из них были азербайджанцы.
По приказу Министерства образования Азербайджанской Республики от 14 мая 1959 года Азербайджанский педагогический институт иностранных языков был объединен с Институтом русского языка и литературы им. М.Ф. Ахундова.
После назначения общенационального лидера азербайджанского народа Гейдара Алиева первым секретарем ЦК КП в 1969 году, во всех сферах страны начали происходить серьезные изменения, в том числе в системе образования, подготовка высококвалифицированных специалистов, повышение их теоретических и профессиональных знаний, а также применение современных научных методов в организации учебно-воспитательного процесса. Важную роль в этом вопросе сыграло решение «О совершенствовании высшего образования в Азербайджанской ССР», принятое 17 октября 1972 года ЦК КП Азербайджана и Советом министров Азербайджана. В связи с исполнением указа Совет Министров Азербайджанской ССР принял решение от 4 ноября 1972 года «О реорганизации Азербайджанского педагогического института языков им. М.Ф. Ахундова». На основе данного решения Азербайджанский педагогический институт иностранных языков снова начал функционировать в качестве независимой высшой школы и ректором института была назначена проф. Вердиева Земфира Надир кызы.
По указу Министра народного образования Азербайджанской Республики от 25 декабря 1992 года проф. З. Вердиева была освобождена от должности ректора. Проректор по учебной работе института, профессор Горхмаз Гулиев, внутренним приказом от 30 декабря 1992 года назначен исполняющим обязанности ректора.
После обретения Азербайджанской Республикой независимости, в руководстве АПИИЯ происходят изменения и 25 января 1993 года ректором назначен профессор Фахраддин Вейсаллы. 6 сентября 1993 года Ф.Вейсаллы освобожден от занимаемой должности и З. Вердиева восстановлена на должность ректора. В декабре 1993 года З.Вердиева выходит на пенсию по возрасту. Профессор Г.Гулиев назначен на должность ректора и проработал на занимаемой должности до 4 апреля 2000 года.
Общенациональный лидер Азербайджана Гейдар Алиев постоянно оказывал особое внимание развитию института, и в связи с раширением деятельности Азербайджанский институт языков преобразовывается в Азербайджанский университет языков, постановлением от 13 июня 2000 года. Указом Президента Азербайджанской Республики от 30 июня 2000 года профессор Сеидов Самед Исмаил оглы назначен ректором Азербайджанского университета языков.
В результате внимания общенационального лидера Гейдара Алиева к нуждам университета, в 2003 году университет получает дополнительный учебный корпус. По поручению президента Ильхама Алиева в 2005 году было построено и введено в эксплуатацию новое пятиэтажное здание для 2500 студентов.
24 ноября 2014 года указом Президента Азербайджанской Республики Ильхама Алиева проф. Самед Сеидов особожден от занимаемой должности.
1 июня 2017 года указом Президента Азербайджанской Республики Ильхама Алиева академик Камал Абдуллаев назначен ректором Азербайджанского университета языков.
В настоящее время в университете ведется подготовка профессионалов по более чем 60-ти специальностям, функционирует 5 факультетов, 32 кафедры, научно-исследовательские лаборатории, культурные и языковые центры. Количество студентов, магистров и докторантов университета составляет 6500 человек.
В связи с произошедшими в системе образования реформами, АУЯ первый среди государственных высших учебных заведений перешел на кредитную систему обучения.
С каждым днем расширяются отношения с ведущими университетами зарубежных стран. Подписываются новые договора и меморандумы о сотрудничестве и взаимодействии с ведущими зарубежными университетами таких странах как – США, Россия, Турция, Индонезия, Китай, Франция, Германия, Великобритания и другие. Осуществляются программы по обмену преподавателями и студентами, ведется интенсивная работа по признанию дипломов.
23 марта 2023 года в рейтинге университетов мира QS 2023 по областям, Азербайджанский университет языков вошел в группу 301 - 340 лучших университетов мира по современным языкам.